Die mit der Südosteuropa-Gesellschaft verbundene Fritz und Helga Exner-Stiftung vergibt einmal jährlich Förderpreise für herausragende Leistungen (zumeist Dissertationen, ggf. Habilitationen) im Bereich der Südosteuropa-Forschung.
Zu ihren alljährlichen Internationalen Hochschulwochen, die in Kooperation mit der Akademie für Politische Bildung in Tutzing durchgeführt werden, lädt die Südosteuropa-Gesellschaft Professoren, Dozenten und Studierende aus dem deutschsprachigen Raum und aus Südosteuropa ein.
Die mit der SOG verbundene Fritz und Helga Exner-Stiftung fördert den wissenschaftlichen Nachwuchs aus Deutschland und Südosteuropa durch Stipendien für kürzere Forschungsaufenthalte in der jeweiligen anderen Region.
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